蓮舫みたいに昭和５９年改正附則５条で日本国籍を取得した場合には、国籍取得は申請時点からなので、改正附則３条のみなし選択規定は適用されない。
ただ、台湾籍だと無国籍者が日本国籍を取得するのと同じだから、そもそも選択義務が発生するの？という問題は残る。
これでほぼ結論なはず。